Lo sviluppo di Uncharted 4: A Thief’s End non è stato dei più semplici per Naughty Dog vedendo addirittura l’abbandono della sceneggiatrice della trilogia originale, Amy Hennig. Dell’argomento ne ha parlato il giornalista di Kotaku Jason Schreier nel suo libro Blood, Sweat, and Pixels: The Triumphant, Trubulent Stories Behind How Video Games Are Made. Nel libro è presente un intero capitolo dedicato ad Uncharted 4 rivelando che i piani originali per la storia erano abbastanza differenti.

Nella versione originale di Uncharted 4 infatti Sam doveva essere uno dei principali villain poiché accusava Nathan di averlo lasciato morire in prigione. I due a un certo punto si sarebbero uniti per affrontare il vero antagonista, Rafe, che ha passato del tempo in prigione insieme a Sam. Da sottolineare che Rafe è presente anche nell’Uncharted 4 uscito poi nei negozi, tuttavia inizialmente doveva essere interpretato dall’attore Alan Tudyk e non da Warren Kole. Amy Hennig aveva inoltre una visione molto coraggiosa per il gioco con Nathan Drake che non avrebbe utilizzato nessuna arma.

Il team di sviluppo che stava lavorando al gioco però era ancora piccolino in quanto The Last of Us e la sua espansione Left Behind stavano concentrando tutta l’attenzione di Naughty Dog. La visione di Hennig comunque non era vista di buon occhio e così nel 2014 lei lasciò la software house firmando anche un accordo di riservatezza sull’accaduto. Naughty Dog decise quindi di puntare su Bruce Straley e Neil Druckmann, i director di The Last of Us, per realizzare Uncharted 4. I due accettarono ma con alcune condizioni: avere completa libertà creativa sullo sviluppo, fare un re-casting e cancellare parte del lavoro svolto (scelta che causò un danno di milioni di dollari), e che Uncharted 4 fosse l’ultimo gioco con Nathan Drake. Per quanto riguarda quest’ultima imposizione, si può dire che al momento Naughty Dog ha accettato questa decisione considerando il finale del gioco e lo spin-off con protagoniste Chloe e Nadine. Dell’Uncharted 4 di Hennig sono rimaste poche cose nel gioco che troviamo ora nei negozi, ad esempio la meccanica del rampino e alcune aree come la Scozia e il Madagascar.