Konami ha assicurato che Metal Gear Survive non sarà un pay-to-win. Il gioco non avrà le loot box ma un sistema di microtransazioni con cui acquistare degli accessori come Metal Gear Online e la FOB di Metal Gear Solid V: The Phantom Pain. Il producer Yuji Korekado ha inoltre risposto alle numerose critiche ricevute dai fan spiegando che si tratta di uno spin-off:
“I fan e i giocatori in generale sembrano aver preso Metal Gear Survive come una continuazione diretta della serie, e mi dispiace che abbiamo creato questa confusione.”