Doom 3: BFG Edition contiene una versione rimasterizzata di Doom 3 e una serie di otto livelli inediti chiamati Lost Mission. Sembra però che questi nuovi livelli in realtà siano stati creati utilizzando elementi già visti nella campagna.

Un utente ha creato un confronto video che mette a confronto la campagna standard di Doom 3 e alcuni elementi riciclati. Al filmato si aggiungono anche altre immagini che non fanno altro che dimostrare la grande somiglianza tra i livelli.