Square Enix e Platinum games hanno rivelato qualche informazione sul sistema delle abilità di Nier Automata. Le abilità potranno essere personalizzate mediante una serie di chip ottenibili in un negozio o dai corpi dei nemici. Ciascun personaggio potrà immagazzinare diversi chip, ognuno con caratteristiche particolari che miglioreranno ad esempio l’attacco, la difesa o le informazioni che possono apparire nell’interfaccia del gioco.