Il protagonista, Geralt di Rivia, è il Witcher del titolo. Essi sono degli esseri umani geneticamente modificati in grado di usare una forma base di magia e di vedere al buio. Sono sterili e non si conoscono Witcher di sesso femminile. Vengono addestrati come cacciamostri professionisti in apposite scuole, come quella di Kaer Morhen, e tollerati dagli umani solo in quanto utili, seppur a caro prezzo. 

Quando inizia il primo gioco i Witcher sono quasi estinti ed è stato istituito l’Ordine della Rosa Fiammeggiante per sostituirli. Il gioco è ambientato a Vizima, capitale del regno di Temeria. Il re è assente e la città è soggiogata da una pestilenza e dalle bande, come i Salamandra e gli Scoia’tel.

Geralt cade e sviene durante un inseguimento e si risveglia a Kaer Morhen, ormai semi abbandonata. Ritrovato dal suo vecchio maestro, Vasemir, ha perso la memoria. Anche con l’aiuto di Triss Merigold, strega sua vecchia amica e amante, inizia a riacquistare la memoria lentamente finchè i Salamandra irrompono nella fortezza. La banda vuole far suoi i segreti alchemici protetti nella fortezza e li ottengono al termine di uno scontro. I Witcher decidono di recuperare questi segreti e si dividono. A Geralt tocca Vizima.

Arrivato nelle campagne della città incontra Zoltan, nano suo amico, e Shani, anch’essa sua vecchia amica. Nella città c’è la peste e si può entrare solo con il permesso. Geralt scopre che il reverendo della zona può aiutarlo ad entrare così decide di aiutarlo ad eliminare un Barghest (un cane fantasma) in cambio del lasciapassare. Il reverendo consiglia di parlare con una strega, Abigail, ritenuta responsabile della presenza della bestia, cosa in realtà non vera. Secondo Abigail Alvin, un bambino che vive con lei, ha un legame col mostro. Alvin dice a Geralt che la causa della presenza della bestia è la cattiveria della gente così Geralt indaga scoprendo molti altarini. Alvin viene rapito dai Salamandra, Geralt lo salva, ma, mentre lo riporta da Abigail, il reverendo e una folla sbarrano la strada a loro due e Abigail con l’intenzione di uccidere la strega. A questo punto si può decidere:

1. Proteggere Abigail sfoggiando i segreti del reverendo, calmando così la folla. A questo punto si lotta con la bestia, la si uccide, ma ci si ritrova di nuovo di fronte il reverendo che, questa volta Geralt ucciderà prendendo il lasciapassare dal suo cadavere. 
2. Consegnare Abigail alla folla che la mette al rogo. La bestia si presenta sul luogo e Geralt la uccide aiutato da alcuni cittadini. Il reverendo gli da il lasciapassare e lui si avvia verso la città.

Qualsiasi scelta si faccia Geralt arriva alle porte della città dove viene preso in consegna dalle guardie che non credono che lui abbia ottenuto il lasciapassare onestamente.

A Geralt viene offerta la libertà in cambio della testa di una Coccatrice che infesta le fogne. Si può decidere se accettare o meno l’aiuto di un cavaliere. Comunque uccide il mostro e viene liberato. In città si allea con un investigatore, Raymond, incontra di nuovo Shani, Dandelion (suo miglior amico del quale però non si ricorda) e altri personaggi, secondari e non. Tra questi c’è Declan Leuvaarden che lo aiuta contro i Salamandra facendolo entrare a un ricevimento da lui organizzato per parlarne. Raymond scopre che la guardia cittadina ha catturato un Salamandra che, essendo infetto, è stato portato all’ospedale della città. Quando arriva lo trova già morto e Shani, che è infermiera e lavora lì, pratica l’autopsia. A seconda di ciò che Geralt ha scoperto durante il gioco l’autopsia porta a diversi sospettati. Con le conoscenza esatte Shani scopre che l’assassino è un mago e Geralt sospetta di Javed. Geralt, investigando, scopre il cadavere di Raymond e capisce che Javed ha assunto le sembianze di Raymond per manipolarlo. Con l’aiuto di Kalkstein, un alchimista, Geralt attira Javed in una torre precedentemente conquistata facendogli credere che dentro vi siano importanti formule alchemiche. Quando entrano Javed tenta di uccidere Geralt, ma lui sa già tutto e lo ferma. Javed si rivela e, con un portale, fa arrivare anche il “professore”, importante membro dei Salamandra già incontrato nel prologo. Geralt ferisce il Professore che scappa con Javed dopo aver stordito il Witcher.

Geralt si risveglia a casa di Triss e scopre che Alvin (il bambino del primo capitolo) è stato portato in ospedale. Sia Triss che Shani vogliono adottarlo e Geralt decide a chi delle due affidarlo, con conseguenze sulle rispettive amicizie. Geralt si ricorda dell’invito al ricevimento. Declan gli consiglia di farsi conoscere dalla créme della società al ricevimento e così si fa la conoscenza della principessa Adda, di Vererad, che governa la città in assenza del re, del conte DeWett e Thaler (già incontrato in precedenza) che Geralt pensava ricettatore, ma in realtà capo delle spie reali. Declan da a Geralt informazioni sui Salamandra e gli consiglia di parlare con Jethro che gli svela il luogo in cui la banda tiene un laboratorio di produzione di fisstech, una potente droga. Geralt elimina i criminali nel laboratorio e Declan gli da un nuovo obiettivo: una zona segreta in cui si terrà una riunione della banda. Questa, per fermare Geralt, chiede aiuto a Redania, un regno rivale di Temeria.
Geralt viene teletrasportato da Triss ad Acque Oscure, lontano da Temeria, e qui incontra di nuovo Dandelion, a sua volta teletrasportato lì da Triss. Dandelion informa il Witcher che Alvin si trova lì, a casa di Alina. Il bambino sta bene, ma ha molti incubi. Triss ha dato a Dandelion un amuleto da dare al bambino per questo problema. Questa prima parte può svolgersi diversamente a seconda dei rapporti con i vari personaggi. L’amuleto non ha effetti, ma finché resta con Geralt il bambino è felice, quindi decide di seguirlo. In questi viaggi Geralt scopre, tra l’altro, delle abilità magiche di Alvin e lo consiglia. Geralt incontra Berengar, un altro Witcher, e lavorano insieme per un pò. Geralt scopre da questo Witcher dell’esistenza di un’armatura leggendaria forgiata da Raven e che lui in realtà odia i Witcher per avergli negato una vita normale. In seguito i due si affrontano e si può fare una scelta:

1. Risparmiarlo (Berengar ci aiuterà nella battaglia finale)
2. Ucciderlo e tenersi i suoi oggetti.

L’Ordine della Rosa Fiammeggiante arriva al villaggio perchè i cittadini sono rei di aver nascosto degli elfi fuggitivi e, durante lo scontro, Alvin usa i suoi poteri per scomparire

Geralt combatte con una delle due fazioni o contro entrambe e gli scontri si spostano nella parte vecchia della città di Vizima. Il re ha fatto ritorno e scopre che sua figlia è sata maledetta. Geralt deve aiutarli e, in cambio, il re lo aiuterà a trovare il nascondiglio dei Salamandra.

Dopo aver salvato la principessa Adda, Foltest stringe un’alleanza con il re di Redania e gli acconsente in sposa sua figlia in cambio del suo aiuto per risolvere il conflitto in corso. Viene rivelato che l’Ordine è il vero manovratore dei Salamandra e che il Gran Maestro ha usato Javed per preparare un esercito di mutanti allo scopo di attuare un colpo di stato e prendere il potere. Geralt uccide Javed. A questo punto ci sono 3 possibilità a seconda dello schieramento scelto:

1. SCOIA’TEL
   se si è scelto di combattere con gli elfi Yaeviin, il loro capo, chiederà al re la libertà. Questi chiede in cambio la loro resa e lo esilia come simbolo dei suoi crimini. Geralt e Yaevinn affrontano Siegfried e lo battono. Si rifugiano in una casa e fuggono attraverso i sotterranei dove affrontano uno Zeugl. Raggiungono il chiostro del Gran Maestro e Yaevinn viene ferito lasciando Geralt da solo.
2. ORDINE
   se si è combattuto con l’Ordine Siegfried convincerà il re della sua fedeltà e viene nominato nuovo Gran Maestro. Geralt e lui affrontano dei cavalieri e si rifugiano in una casa dalla quale fuggono attraverso i sotterranei. Affrontano uno Zeugl e raggiungono il chiostro dove c’è il Gran Maestro. Siegfried viene ferito e Geralt resta solo
3. WITCHER
   se non ci si è schierati Geralt arriverà al quartiere del Tempio con Triss, dove i due re stanno stringendo il patto. Incontrano Siegfried che si può uccidere o evitare. Si rifugiano in una casa, passano dai sotterranei e incontrano Yaevinn, che a sua volta si può uccidere o evitare. Geralt e Triss incontrano lo Zeugl e raggiungono il chiostro dove Triss viene ferita e Geralt resta solo.

Qualsiasi dei tre percorsi si sia fatto ci si ritroverà comunque da soli davanti al Gran Maestro che rivelerà i suoi piani che dipendono dalla Profezia di Ithlinne: creare dei supermutanti che difenderanno la popolazione in una grande esodo verso sud per sfuggire al Grande Freddo. Geralt affronta il Gran Maestro con l’aiuto dei suoi amici in una sua visione delle Lande Ghiacciate. L’ultima scena include anche il Re della Caccia Selvaggia che reclama l’anima del Gran Maestro. A questo punto si può

1. Uccidere il Gran Maestro negando l’anima al Re della Caccia
2. Permettere al Re della Caccia di prendere l’anima del Gran Maestro rifiutando il combattimento e il Re gli rivela che lui (Geralt) conosce il Gran Maestro con un altro nome.

Nella scena finale il Re Foltest è attaccato da un assassino che Geralt ferma. Quando lo guardano da vicino scoprono che l’uomo ha le stesse mutazioni agli occhi di Geralt.